Para el año 2006, Simon terminaría el año como N° 45 del mundo, demostrando que se venía formando una promesa del tenis. Muchos cuestionaron que Simon tardó mucho en sobresalir, aun cuando se destacaba ya su talento. Alcanzó su primera final ATP en Valencia cayendo ante Nicolás Almagro. Ganó 24 partidos,18 más que el año pasado. En el Australian Open destacó con victorias sobre Massú y Berdych antes de caer con Johansson en 3R. Ganó el Challenger de Nueva Caledonia y llegó a la final en Andrezieux. Tuvo victorias destacadas como las conseguidas ante el número 23 Tomas Berdych en Australia por 6-3, 6-2, 4-6 y 6-2, la que obtuvo ante Jarkko Nieminen en Marsella por 4-6, 6-3 y 6-2, por aquel entonces N26 del mundo. En ese mismo torneo le complicó mucho su partido al N2 del mundo Rafael Nadal al estar 5-2 arriba en el 1 set para acabar cayendo por 7-5 y 6-4 en casi 2 horas de partido.Tuvo otra victoria importante ante Fernando Verdasco, N34 en las semis de Valencia al ganarle por 6-2 y 7-6. En Monte-Carlo volvió a ganar a Berdych, N24 por 7-6, 6-7 y 6-4. En la R16 perdió sin oposición por 6-3 y 6-2 ante Ivan Ljubicic. Jugó Casablanca llegando a las semifinales y perdiendo en ellas ante Daniele Bracciali. En Hamburgo volvió a jugar a muy buen nivel eliminando al N40 Greg Rusedski en 1R y al N9 Gastón Gaudio en Segunda por 6-4,3-6 y 6-4, su 1 victoria ante un Top-10 en su carrera. Pero volvió a caer sin oposición en 3R ante Max Mirnyi.En hierba alcanzó QF en Nottingham. Alcanzó R32 en Cincinatti perdiendo con Haas en 3 sets y R64 en el U.S Open perdiendo con Richard Gasquet. Luego a final de año alcanzó la R16 de Bucarest y los QF en Palermo.Empezó el año como N124 y lo acabó como N45.