Fernando Manuel Costa Santos (Lisboa, 10 de octubre de 1954) es un ingeniero electrónico, entrenador de fútbol y ex futbolista de Portugal. En la actualidad es seleccionador de la selección portuguesa.
Habiendo comenzado su carrera futbolística en el Sport Lisboa e Benfica, pasó por CS Marítimo y GD Estoril-Praia, por donde empezó su carrera como entrenador de fútbol durante la temporada de 1987/88. Se mantuvo al mando del GD Estoril-Praia hasta que en la temporada 1993/94 fue reemplazado por Carlos Manuel.
La temporada siguiente se incorporó como entrenador en el CF Estrela da Amadora, donde llamó la atención de varios clubes nacionales e internacionales y tuvo éxito donde las mejores calificaciones de este club. Este éxito daría lugar a su salto al FC Porto para la campaña 1998-99, donde ganó un inédito pentacampeonato de Ligas, llegando a ser conocido como el "Ingeniero de la Penta". Permaneció en el club hasta el 2001, cuando dio el salto al campeonato griego para dirigir al AEK Atenas, obteniendo el 2º lugar. Sin embargo, las dificultades financieras del club y de la huida de sus mejores jugadores hizo que Fernando Santos fichara por el rival de la capital griega, el PAE Panathinaikos. Terminó dejando su puesto la mitad de la temporada por decisión personal.