José Fernando Marqués Martín, deportivamente conocido como Fernando Marqués (Madrid, 4 de diciembre de 1984), es un futbolista español. Actualmente juega en el C.D. Guadalajara.
Se formó en las categorías inferiores del Rayo Vallecano y la temporada 2002/03, con 17 años, debutó en Primera División. Fue el 14 de septiembre de 2002, ante el Málaga CF. En total, en esa campaña -que terminó con el descenso del Rayo- participó en nueve encuentros. Ese año también empezó a ser noticia fuera del campo, protagonizando algunos incidentes como una bronca y agresión a su compañero Javier Dorado.
La temporada 2003/04, en Segunda División, dispuso de mayores oportunidades, jugando 25 partidos en los que anotó dos goles. No obstante, ante sus problemas de disciplina, el club llegó a ponerle en manos de un psicólogo deportivo, aunque el futbolista se negó a seguir con la terapia. La temporada terminó con un nuevo descenso del club vallecano, aunque Marqués pudo regresar a Primera al firmar con el Racing de Santander.