Daniele Bonera (Brescia, Provincia de Brescia, Italia, 31 de mayo de 1981) es un ex-futbolista italiano. Jugaba de defensa y se retiró en 2019, siendo su último equipo el Villarreal Club de Fútbol de la Primera División de España. Actualmente es segundo entrenador de la Associazione Calcio Milan.
Comenzó su carrera en el Brescia integrando el plantel de la temporada 1998-99 en la Serie B, pero sin disputar ningún encuentro. En la siguiente temporada jugó 5 partidos y logró ascender a la Serie A, en la que debutó el 1 de octubre de 2000.
La temporada 2001-02 jugó su última temporada en el Brescia en el que jugó un total de 72 partidos, de los cuales 55 fueron en la Serie A. Desde la temporada 2002-03 hasta la temporada 2005-06 jugó en el Parma, en que disputó un total de 136 partidos y convirtió su primer gol en la Serie A y fue contra su ex-equipo el Brescia. Antes de comenzar la temporada 2006-07 fue adquirido por el A. C. Milan.