El día 2 de junio de 2002, el presidente Karzai lo designó como nuevo Ministro de Finanzas del país. Como ministro de finanzas, durante la duración de la transición, es ampliamente reconocido por el diseño y la ampliación de las reformas más extensas y difíciles de ese periodo:
Realizó numerosas reformas monetarias en tiempo récord; informatizó las operaciones de tesorería; institucionalizó la cuenta única del tesoro; adoptó una política de financiamiento sin-déficit; presentó el presupuesto como instrumento central de la política; se realizaron ingresos centralizados; se reformó el sistema de aranceles y aduanas reacondicionados; e instituyó la presentación periódica ante el gabinete, el pueblo de Afganistán y los interesados internacionales como herramienta de transparencia y rendición de cuentas.