Yūto Nagatomo (jap. 長友 佑都, Nagatomo Yūto; * 12. September 1986 in Saijō) ist ein japanischer Fußballspieler.
Yūto Nagatomo hatte in seiner Jugend in Mannschaften seiner Schulen und ab 2005 im Team der Meiji-Universität gespielt, bevor ihn 2007 der FC Tokio unter Vertrag nahm. Seit 2008 war der Außenverteidiger dort Stammspieler in der J1 League. Sein größter Erfolg mit der Mannschaft war 2009 der Gewinn des Ligapokals.
Im Juli 2010 wechselte er für ein Jahr auf Leihbasis zum damaligen Serie-A-Aufsteiger AC Cesena nach Italien. Dem Verein wurde zudem eine Option zur dauerhaften Verpflichtung zugesichert. Am 28. Januar 2011 nahm Cesena diese Option wahr. Drei Tage später wurde Nagatomo für die Rückrunde der Saison 2010/11 an den damaligen Meister Inter Mailand ausgeliehen. Cesena erhielt im Gegenzug Verteidiger Davide Santon als Leihgabe. Nach überzeugenden Auftritten für Inter wurde Nagatomo fest verpflichtet. Am 5. Januar 2013 verlängerte er seinen Vertrag bis Juni 2016.