Tobias Werner (* 19. Juli 1985 in Gera, DDR) ist ein ehemaliger deutscher Fußballspieler.
Werner begann mit dem Fußballspielen im Alter von sechs Jahren beim TSV 1880 Gera-Zwötzen. Danach spielte er in der Jugend für den 1. SV Gera und ab 1998 für den FC Carl Zeiss Jena, in dessen 1. Herrenmannschaft er im Januar 2004 als 18-Jähriger aufrückte. 2005 stieg er mit der Mannschaft in die Regionalliga Nord und 2006 in die 2. Bundesliga auf.
In der Sommerpause 2008 wechselte er zum Zweitligisten FC Augsburg. Nach dem Aufstieg in die Bundesliga gab er am 6. August 2011 (1. Spieltag) beim 2:2 im Heimspiel gegen den SC Freiburg sein Debüt in der obersten deutschen Spielklasse. Sein erstes Bundesligator erzielte er am 20. November 2011 (13. Spieltag) bei der 1:2-Auswärtsniederlage gegen den VfB Stuttgart. Mit dem Ende der Saison 2014/15 qualifizierte sich der FC Augsburg als Tabellenfünfter für die UEFA Europa League. Am 17. September 2015 kam Werner mit seiner Einwechslung im Gruppenspiel bei Athletic Bilbao zu seinem ersten Einsatz auf internationaler Ebene. Bis zum Ausscheiden im Sechzehntelfinale stand er noch vier weitere Male in der Europa League auf dem Platz. Sein Vertrag beim FC Augsburg lief bis 30. Juli 2017.