Stephen Gaghan (* 6. Mai 1965 in Louisville, Kentucky) ist ein US-amerikanischer Drehbuchautor und Filmregisseur. Er ist Oscar- und Golden-Globe-Preisträger.
Gaghan begann seine Karriere beim Fernsehen; er schrieb für die Fernsehserien The Practice und NYPD Blue. Für den Thriller Rules – Sekunden der Entscheidung schrieb Gaghan 2000 das Drehbuch für seinen ersten abendfüllenden Spielfilm. Die Filme Traffic – Macht des Kartells und Syriana machten Gaghan bekannt. Für beide Filme war er für den Oscar nominiert; sowohl in der Kategorie Bestes Originaldrehbuch (Syriana) als auch für das Beste adaptierte Drehbuch (Traffic – Macht des Kartells). Für letztgenannten Film erhielt er 2001 die Auszeichnung. 2004 arbeitete er am Drehbuch zu Alamo – Der Traum, das Schicksal, die Legende mit. 2013 verfasste er das Drehbuch für das von Activision veröffentlichte Videospiel Call of Duty: Ghosts. 2016 entstand unter seiner Regie der Film Gold – Gier hat eine neue Farbe. 2020 folgte die Veröffentlichung von Die fantastische Reise des Dr. Dolittle, bei dem die Regie übernahm und das Drehbuch mitverfasste.