Sean Patrick Flanery (* 11. Oktober 1965 in Lake Charles, Louisiana) ist ein US-amerikanischer Schauspieler.
Flanery wuchs in Houston, Texas auf. Nach dem Abschluss an der Awty International School besuchte er die University of St. Thomas in Houston. Um seine Karriere als Schauspieler zu verfolgen, ging Flanery nach Los Angeles. Seit 1988 spielte Sean Patrick Flanery in über 100 Film- und Fernsehproduktionen mit, darunter viele B-Filme.
In Deutschland bekannt geworden ist er in der Fernsehserie Die Abenteuer des jungen Indiana Jones in der Rolle des jungen Indiana Jones. Die Serie lief in den Jahre 1992 bis 1993. Weitere Bekanntheit brachte ihm die Hauptrolle in dem Film Der blutige Pfad Gottes (1999) ein, der sich auf dem Videomarkt zu einem Kultfilm entwickelte.