Niko Bungert (* 24. Oktober 1986 in Bochum) ist ein ehemaliger deutscher Fußballspieler.
Bungert begann seine Karriere 1990 beim VfB Günnigfeld. Von 1996 bis 2004 spielte er für die SG Wattenscheid 09 und wurde 2004 vom FC Schalke 04 verpflichtet. 2005 unterschrieb er dort einen Profivertrag. Für die Saison 2006/07 wurde er an den Zweitligisten Kickers Offenbach ausgeliehen, für den er seine ersten Profieinsätze absolvierte. In der Rückrunde erkämpfte er sich einen Stammplatz und wurde von den Kickers Offenbach fest verpflichtet.
Zur Saison 2008/09 wechselte er zum 1. FSV Mainz 05. In seiner ersten Saison stieg er mit Mainz 05 in die Bundesliga auf und erreichte das Halbfinale des DFB-Pokal 2008/09. In der Europa-League 2011/12 scheiterte er mit der Mannschaft in der Qualifikation, erreichte aber fünf Jahre später schließlich die Gruppenphase der Europa League 2016/17. Hier erzielte er das erste Tor der Mainzer in einer Gruppenphase der Europa League im Heimspiel gegen die AS Saint-Étienne (1:1); die Mannschaft schied als Gruppendritter aus.