Matthias Müller (* 29. März 1961 in Bielefeld) ist ein deutscher Filmemacher, bekannt für Found Footage Filme.
Matthias Müller wuchs als Sohn eines Pfarrers und einer Lehrerin in Bielefeld auf und ist seit 1980 auf dem Gebiet Experimenteller Film, Video und Fotografie tätig. 1984 begann die Zusammenarbeit mit Dirk Schaefer, der an zahlreichen Filmen Müllers als Musiker beteiligt war. 1985 gründete Müller mit acht anderen Filmern, darunter Christiane Heuwinkel and Maja-Lene Rettig, die Super-8-Film-Kooperative Alte Kinder. Sie gingen mit ihren Werken auf Tour und gewannen zahlreiche Preise.
1981 bis 1987 studierte Müller Germanistik und Kunst bei Jürgen Heckmanns an der Universität Bielefeld, danach Freie Kunst an der Hochschule für Bildende Künste Braunschweig bei Gerhard Büttenbender. Zwischen 1994 und 1997 lehrte Müller als Gastprofessor an der Johann Wolfgang Goethe-Universität Frankfurt am Main und von 1998 bis 1999 an der Fachhochschule Dortmund. Seit 2003 hat er eine Professur für experimentellen Film an der Kunsthochschule für Medien Köln.