Mary Stuart Masterson (* 28. Juni 1966 in New York City) ist eine US-amerikanische Schauspielerin.
Masterson ist Tochter des Regisseurs, Autors und Darstellers Peter Masterson sowie der Schauspielerin Carlin Glynn. Sie spielte als Kind an der Seite von Katharine Ross in der Verfilmung von Die Frauen von Stepford aus dem Jahr 1975. Die Schauspielerin studierte einige Monate lang Anthropologie an der New York University.
Masterson spielte in zahlreichen Filmen wie in dem Drama Grüne Tomaten mit Kathy Bates und Mary-Louise Parker aus dem Jahr 1991, in dem sie eine der größeren Rollen übernahm. Für ihre Rolle neben Johnny Depp, Aidan Quinn und Julianne Moore in der Filmkomödie Benny & Joon aus dem Jahr 1993 wurde sie im Jahr 1994 für den MTV Movie Award nominiert. Im Western Bad Girls (1994) trat sie zusammen mit Madeleine Stowe, Andie MacDowell, Drew Barrymore und Dermot Mulroney auf. Im Jahr 2003 wurde sie für ihre Rolle im Musical Nine The Musical für die Preise Tony Award, Outer Critics’ Circle Award und Drama Desk Award nominiert; außerdem gewann sie für diese Rolle den Theatre World Award.