Markus Henriksen (* 25. Juli 1992 in Trondheim) ist ein norwegischer Fußballspieler. Seine Karriere begann er in der Tippeligaen beim Traditionsverein Rosenborg Trondheim, für den auch sein Vater Trond Henriksen insgesamt zehn Jahre als Spieler aktiv war.
Henriksen begann seine Karriere in der Jugend des Trondheimer Multisportvereins Trond IL. 2007 wurde er im Alter von 15 Jahren vom vereinsnahen Großklub Rosenborg Trondheim in dessen Jugend übernommen, wo er sich bald zum größten Talent Norwegens entwickelte.
Innerhalb von zwei Jahren stieg er von der U-19 über die U-21 in die Profimannschaft auf, für die er 16-jährig am 10. Mai 2009 im Pokalspiel gegen Gjøvik-Lyn debütierte. In der Liga kam er in der gleichen Saison auf drei Kurzeinsätze, in denen er weitere Talentproben abgeben konnte und mit der norwegischen Meisterschaft seinen ersten Titelgewinn auf Profiebene feiern konnte.