Margot Werner (* 8. Dezember 1937 in Salzburg; † 1. Juli 2012 in München) war eine österreichische Balletttänzerin und Chansonsängerin.
Als Tochter eines Kaufmanns und einer Pianistin wuchs Margot Werner in Salzburg auf und machte am Realgymnasium bei den Ursulinen die Mittlere Reife. Sie hatte eine enge Beziehung zu dem Tanzkollegen Heinz Bosl. In erster Ehe war sie mit dem Schauspieler Peter Pasetti verheiratet. Seit 1978 war sie mit dem Kaufmann Jochen Litt verheiratet, dessen Hotel in Tirol sie bis zu seinem Konkurs im Jahr 2005 finanziell unterstützte.
Margot Werner erhielt schon mit drei Jahren ersten Ballettunterricht. Sie absolvierte die klassische Tanzausbildung am Salzburger Landestheater und bei Friderica Derra de Moroda. Mit 17 Jahren wurde sie am Bayerischen Staatsballett in München engagiert, wo sie innerhalb von drei Jahren zur Vortänzerin avancierte. Seit 1959 war sie Solistin. Es gab gemeinsame Arbeiten mit Choreografen wie John Cranko und John Neumeier. Sie tanzte in Balletten wie Giselle, Der grüne Tisch von Kurt Jooss. Sie trat bis 1975 auch oft mit Heinz Bosl auf, nach dessen Tod sie sich zusammen mit Konstanze Vernon für die Heinz-Bosl-Stiftung engagierte.