Manuel Henrique Tavares Fernandes (* 5. Februar 1986 in Lissabon), genannt Manuel Fernandes, ist ein portugiesischer Fußballspieler mit kapverdischen Wurzeln, welcher zurzeit beim russischen Verein Lokomotive Moskau und in der portugiesischen Nationalmannschaft spielt.
Manuel Fernandes ist ein defensiver Mittelfeldspieler.
Fernandes wuchs in der Lissaboner Vorstadt Amadora auf, wo er regelmäßig mit seinem Freund Nani Straßenfußball spielte. 2002 wurde er ins Jugendteam von Benfica Lissabon aufgenommen. Sein Debüt bei Benfica machte er 2003/04 in der portugiesischen Primeira Liga. Er beeindruckte mit seinen guten Leistungen im defensiven Mittelfeld schnell den damaligen Trainer, José Antonio Camacho, und die Fans. Mit seinem Tor gegen Gil Vicente machte er sich zum zweitjüngsten Torschütze für Benfica aller Zeiten. Stammspieler - oft an der Seite von Petit - wurde er in der Saison 2004/05. Unter der Leitung von Giovanni Trapattoni half er dem Team nach einer Durststrecke von 11 Jahren 2005 erstmals wieder den Titel zu holen. Fernandes verpasste während dieser Saison nur fünf Ligaspiele und brachte es auf sieben Europapokaleinsätze, wo Benfica in der Zwischenrunde des UEFA-Cups scheiterte.