Ab dem 28. Februar 2001 trainierte Klopp – zunächst als Interimslösung bis zum Saisonende – die Profimannschaft des 1. FSV Mainz 05 in der 2. Bundesliga. Der Verein war unter dem Tage zuvor entlassenen Trainer Eckhard Krautzun in die Abstiegsränge geraten; Klopp selbst hatte noch drei Tage zuvor als Aktiver in dem Auswärtsspiel gegen die SpVgg Greuther Fürth (1:3-Niederlage) auf dem Platz gestanden; dieses Spiel war sein letztes Spiel als aktiver Profifußballer.