Jonathan Pereira Rodríguez (* 12. Mai 1987 in Vigo) ist ein spanischer Fußballspieler. Er steht seit 2017 bei AD Alcorcón unter Vertrag.
Pereira begann seine Karriere in der Jugendmannschaft von UD Santa Mariña. 2002 wechselte er in die Jugendabteilung des FC Villarreal, wo er 2004 in die zweite Mannschaft geholt wurde. Nach zwei Saisonen in der Tercera Division, kam Pereira in der Saison 2006/07 in den Kader der ersten Mannschaft. Nebenher spielte er noch in der B-Mannschaft, die den Aufstieg in die Segunda Division B schaffte. Sein Debüt in der höchsten spanischen Spielklasse gab der Stürmer am 21. Oktober 2006 gegen UD Levante. Pereira erzielte beim Unentschieden das 1:1, wobei er erst eine Minute zuvor eingewechselt wurde. Weiters erhielt er eine gelbe Karte.
Pereira gab in dieser Saison auch sein Debüt auf europäischer Klubebene. Im UI-Cup kam er gegen den Vertreter aus Slowenien NK Maribor am 22. Juli 2006 in der 82. Minute für Cani ins Spiel. Das Spiel in Maribor endete 1:1. Am Ende der Saison wurde Villarreal Fünfter der Liga.