Jonathan Joseph Heder (* 26. Oktober 1977 in Fort Collins, Colorado) ist ein US-amerikanischer Schauspieler, der durch den Film Napoleon Dynamite bekannt wurde.
Heder besuchte die Brigham Young University in Provo, Utah, wo er sich mit dem Regisseur Jared Hess befreundete, der ihn für die Hauptrollen in Napoleon Dynamite und in dem Kurzfilm Peluca besetzte. Zusammen mit Efren Ramirez produzierte Heder außerdem mehrere Werbespots für die Utah State Fair 2005, für die sie ihre Rollen aus Napoleon Dynamite wieder aufleben ließen. In Adam Sandlers Filmkomödie Die Bankdrücker war er 2006 neben Rob Schneider und David Spade zu sehen.
Heder ist bekennender Mormone und hat einen Zwillingsbruder namens Dan. Er lebt mit seiner Frau Kirsten, mit der er drei gemeinsame Kinder hat, in Los Angeles, Kalifornien.