Johannes Geis (* 17. August 1993 in Schweinfurt) ist ein deutscher Fußballspieler. Der defensive Mittelfeldspieler stand zuletzt beim 1. FC Köln unter Vertrag.
Über die fränkischen Vereine TSV Oberstreu, TSV Mittelstreu und TSV Großbardorf gelangte Johannes Geis 2008 als U-16-Nationalspieler zur SpVgg Greuther Fürth. Im Januar 2011 unterzeichnete er einen bis 30. Juni 2014 datierten Profivertrag mit dem Zweitligisten, während er noch in deren U-19-Mannschaft aktiv war. Sein Zweitligadebüt gab er am 20. November 2010 (13. Spieltag). In seiner ersten Spielzeit als Profi absolvierte er sechs Zweitligaspiele, in der Folgesaison trug er mit drei Einsätzen zum Aufstieg in die Bundesliga bei. In der Bundesliga debütierte er am 24. Februar 2013 (23. Spieltag) im Heimspiel gegen Bayer 04 Leverkusen in der Startelf.
Nach dem Abstieg der Fürther in die 2. Liga wechselte Geis für eine Ablösesumme von 900.000 Euro zu Saison 2013/14 zum 1. FSV Mainz 05. Er unterschrieb einen Vertrag über vier Jahre bis zum 30. Juni 2017. Hier entwickelte sich Geis zum Stammspieler im defensiven Mittelfeld der Mainzer.