Joe Flanigan (* 5. Januar 1967 in Los Angeles, Kalifornien; geboren als Joseph Harold Dunnigan III) ist ein amerikanischer Schauspieler.
Joe Flanigan wurde von seinem Stiefvater adoptiert. Als er sechs Jahre alt war, zog er mit seiner Familie auf die kleine Holcomb Lane Ranch am Stadtrand von Reno (Nevada). Im Alter von 14 Jahren besuchte er ein Internat in Ojai, wo er in einer Schulaufführung erste Erfahrungen als Theaterschauspieler machte. Er spielte Stanley Kowalski aus dem Stück Endstation Sehnsucht von Tennessee Williams. Danach begann er ein Studium an der University of Colorado mit Hauptfach Geschichte, welches er erfolgreich beendete. Hier spielte er die Titelrolle in dem Theaterstück Coriolanus von William Shakespeare.
Nachdem Flanigan ein Jahr lang auf dem College verbrachte, nutze er die Möglichkeit, im Rahmen des „Junior Year Abroad Program“ einen Teil seiner Studienzeit in Paris zu verbringen. Daraufhin betätigte er sich in einer Reihe von Gelegenheitsjobs (zum Beispiel im Bankwesen oder der Politik), die ihn jedoch nie befriedigten. Er wurde während dieser Zeit vom Interview Magazine gefeuert und beschloss, nach New York City zu ziehen. Sein Nachbar in New York war Schauspieler und ermutigte ihn, in dieser Branche Fuß zu fassen. So begann er, an der renommierten Schauspielschule Neighborhood Playhouse in New York zu studieren.