Jean-Paul Boëtius (* 22. März 1994 in Rotterdam) ist ein niederländischer Fußballspieler. Er steht beim 1. FSV Mainz 05 unter Vertrag.
Boëtius durchlief ab der U7 die Jugendakademie von Feyenoord Rotterdam. Er debütierte für Feyenoords erste Mannschaft in der niederländischen Eredivisie im Oktober 2012. In den nächsten drei Jahren absolvierte er insgesamt 96 Pflichtspiele für seinen Verein, darunter fünf Spiele in der Gruppenphase der UEFA Europa League 2014/15.
Anfang August 2015 verpflichtete ihn der FC Basel, nachdem kurz zuvor der Mittelfeldspieler Derlis González den Verein zu Dynamo Kiew verlassen hatte. Boëtius unterzeichnete einen Vertrag über vier Jahre. Unter Trainer Urs Fischer gewann er am Ende der Saison 2015/16 den Meistertitel mit dem FCB. Am 31. Januar 2017 verlieh der FC Basel Boëtius bis zum Saisonende an den KRC Genk. Der KRC hatte die Option für eine feste Übernahme zum Saisonende. Mit dem belgischen Erstligisten erreichte er das Viertelfinale der Europa League 2016/17.