Hendrik Pekeler (* 2. Juli 1991 in Itzehoe) ist ein deutscher Handballspieler, der seit der Saison 2018/19 beim THW Kiel spielt. Der 2,03 m große Pekeler ist Kreisläufer.
Mit dem Handball begann Hendrik Pekeler 2002 beim ETSV Fortuna Glückstadt. 2004 wechselte er zum MTV Herzhorn und 2007 zum Regionalligisten Bramstedter TS. 2008 erhielt er einen Vier-Jahresvertrag beim THW Kiel. In der Saison 2008/09 hatte er jedoch Erstspielrecht beim Zweitligisten TSV Altenholz. Ab Sommer 2009 spielte Pekeler für die Bundesligamannschaft und für die in der Regionalliga spielende zweite Mannschaft des THW Kiel. Im Sommer 2010 gab er seinen Wechsel zum Bergischen HC bekannt. Er unterschrieb dort einen Zweijahresvertrag. 2011 stieg er mit dem BHC in die Bundesliga auf. Ab der Saison 2012/13 spielte Pekeler für den TBV Lemgo, bei dem er einen Drei-Jahres-Vertrag unterschrieb. In der Saison 2013/14 war Pekeler mit 125 Feldtoren torgefährlichster Kreisläufer der Liga. Im Juli 2014 wurde bekannt, dass er Lemgo nach der Saison 2014/15 verlassen und als Nachfolger von Bjarte Myrhol zu den Rhein-Neckar Löwen wechseln wird. Im Sommer 2018 kehrte er zum THW Kiel zurück.