Sir James Fraser Stoddart (* 24. Mai 1942 in Edinburgh) ist ein britisch-US-amerikanischer Chemiker. 2016 erhielt er mit Jean-Pierre Sauvage und Ben Feringa den Nobelpreis für Chemie für „das Design und die Synthese von molekularen Maschinen“.
Fraser Stoddart, der Sohn von Thomas Fraser Stoddart und Jane Spalding Hislop Stoddart, besuchte von 1950 bis 1960 das Melville College in Edinburgh und studierte anschließend Chemie an der University of Edinburgh, 1964 erhielt er seinen Bsc, 1966 den Ph.D. (Betreuer: Edmund Hirst) und 1980 den selten verliehenen Grad DSc. Von 1967 bis 1970 war Stoddart Post-Doktorand an der Queen’s University in Kingston, Ontario, Kanada. 1970 wechselte er an die University of Sheffield, wo er bis 1978 Lecturer und von 1981 bis 1990 Reader in Chemie war. Von 1978 bis 1981 forschte er am Laboratorium von Imperial Chemical Industries in Runcorn. Von 1990 bis 1997 war Stoddart Professor für Organische Chemie an der University of Birmingham, 1993 bis 1997 als Leiter der School of Chemistry. Von 1997 bis 2003 war er Saul Winstein Professor für Organische Chemie an der University of California, Los Angeles, die er bereits von einem Gastaufenthalt 1978 kannte. Seit 2003 ist er Fred Kavli Professor für Nanowissenschaften an der University of California, Los Angeles und von 2003 bis 2007 war er Direktor des California NanoSystems Institute. Gastprofessorenaufenthalte führten ihn 1980 an die Texas A&M University, 1985 und 1987 an die Universität Messina, Italien, und 1987 an die École Nationale Supérieure de Chimie de Mulhouse, Frankreich.