Fernando Manuel Costa Santos (* 10. Oktober 1954 in Lissabon) ist ein portugiesischer Fußballtrainer und ehemaliger -spieler.
Santos war in der Jugendabteilung von Benfica Lissabon aktiv, ohne allerdings den Sprung in die Profimannschaft des portugiesischen Spitzenklubs zu schaffen. 1973 wechselte er zu GD Estoril Praia. In der Saison 1979/80 spielte er für Marítimo Funchal. Anschließend spielte er nochmal sieben Jahre für GD Estoril Praia, darunter fünf Jahre in der Segunda Liga. 1987 beendete er im Alter von 32 Jahren seine aktive Karriere.
Nach der aktiven Laufbahn entschied sich Santos Trainer zu werden. 1987 übernahm er GD Estoril Praia als erste Cheftrainerposition. Dort konnte er erste Erfolge feiern. Durch Platz zwei in der Segunda Liga im Jahr 1990/91 gelang dem Team der Aufstieg in die 1. Liga. Anschließend positionierte er sein Team im sicheren Mittelfeld der Liga und schaffte den Klassenerhalt. Auch im Folgejahr sicherte er mit seiner Mannschaft den Verbleib in der höchsten portugiesischen Liga. Zur Spielzeit 1993/94 tat man sich dann schwer und sackte in die Abstiegszone. Am Saisonende stieg Estoril ab. Santos verließ den Klub und heuerte zur Folgespielzeit bei CF Estrela Amadora an. Unter dem neuen Trainer entwickelt sich Amadora von Jahr zu Jahr vom Abstiegsteam zu einem Klub, der sich im Mittelfeld der Tabelle behaupten kann. Mit Platz sieben 1997/98 gelang Santos zudem die beste Platzierung Amadoras in der Vereinsgeschichte. Seine Leistungen weckten Begehrlichkeiten, so dass der Top-Klub FC Porto ihn 1998 unter Vertrag nahm, wo er António Oliveira ablöste.