Fabian Frei (* 8. Januar 1989 in Frauenfeld) ist ein Schweizer Fussballspieler. Er steht beim FC Basel unter Vertrag.
Fabian Freis Vater ist der Fussballtrainer Markus Frei, der die Schweizer U-17-Nationalmannschaft im Jahre 2002 zum Europameistertitel führte.
Der Mittelfeldspieler kam von der Jugend des FC Winterthur zum FC Basel, bei dem er ins Profiteam aufgenommen wurde. In den Spielzeiten 2007/08 und 2008/09 bestritt er 49 Spiele für den FC Basel. Sein Ligadebüt gab Frei am ersten Spieltag der Saison 2007/08 am 22. Juli 2007 beim 1:0-Sieg gegen den FC Zürich. Damals liess ihn Trainer Christian Gross in der Startelf auflaufen. Sein erstes Ligator erzielte er am 4. Dezember 2008 beim 3:1-Heimsieg gegen den FC Aarau im St. Jakob-Park. 2008 gewann er sowohl die nationale Meisterschaft als auch den Schweizer Pokal; im Sommer 2008 kam der Gewinn des Uhrencups hinzu. Anfang Juli 2009 wurde er für zwei Jahre an den Axpo-Super-League-Verein FC St. Gallen ausgeliehen. Dort sollte er Spielpraxis sammeln. Für die Saison 2011/12 kehrte er nach Basel zurück.