Doctor Khumalo (* 26. Juni 1967 in Soweto; eigentlich Theophilus Khumalo) ist ein ehemaliger südafrikanischer Fußballspieler.
Doctor Khumalo startete seine Karriere 1987 bei den Kaizer Chiefs, wo er bis 1995 spielte. Sechs Monate lang gab er dann 1995 ein kurzes Gastspiel bei Ferro Carril Oeste in der argentinischen Liga, bevor er von 1995 bis 1998 in der Major League Soccer bei Columbus Crew spielte. Von 1998 bis zu seinem Karriereende 2004 spielte er dann wieder für die Kaizer Chiefs.
Khumalo gilt trotz der wenig internationalen Erfahrung als einer der besten südafrikanischen Fußballspieler aller Zeiten. In der südafrikanischen Premier Soccer League schoss er in 380 Spielen 74 Tore.