Alyssa Michele Naeher (* 20. April 1988 in Bridgeport, Connecticut) ist eine US-amerikanische Fußballspielerin. Die Torhüterin steht seit 2016 bei den Chicago Red Stars in der NWSL unter Vertrag. 2019 war sie Stammtorhüterin beim WM-Sieg der Frauen-Fußballnationalmannschaft der Vereinigten Staaten.
Naeher begann ihre Karriere an der Christian Heritage High School, wo sie mehrere Auszeichnungen als beste Spielerin erhielt. Daneben spielte sie für die Basketballmannschaft. Zwischen 2006 und 2009 spielte sie in 74 Partien für die Penn State Nittany Lions, die Mannschaft der Pennsylvania State University.
Im Jahre 2010 wurde sie beim Draft der US-amerikanischen Profiliga Women’s Professional Soccer (WPS) als Elfte von den Boston Breakers ausgewählt. Am 25. April 2010 gab sie ihr WPS-Debüt beim Spiel gegen Saint Louis Athletica. Im September 2011 wechselte Naeher auf Leihbasis zum Bundesligisten 1. FFC Turbine Potsdam. Am 26. November 2011 wurde der Vertrag zum 31. Dezember aufgelöst und Naeher kehrte zu den Boston Breakers zurück.